石林县纪委监委组织机构包括：内设职能部门、派驻纪检监察组。内设职能部门具体为：办公室、组织部、宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第六纪检监察室、案件审理室、干部监督室。

石林县纪委监委无直属机构。

办公室：负责机关日常运转工作，筹备组织重要会议活动，督促检查有关工作部署的落实情况，负责后勤管理服务工作及财务管理工作，参与起草制定相关规范性文件等。

组织部：负责纪检监察系统领导班子建设，干部队伍建设和组织建设的综合规划，制度建设和业务指导，负责县纪委县监委干部人事工作，负责办理县管干部廉政谈话，廉洁自律审查工作等。

宣传部：负责组织协调全面从严治党，党风廉政建设和反腐败宣传教育及廉洁文化建设工作，负责机关新闻事务和网络信息工作等。

党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议，国家法律法规等情况的监督检查，综合协调贯彻落实中央八项规定精神，纠正“四风”工作，组织开展党风政风监督专项检查活动等。

信访室（检举举报平台中心）：负责受理对党的组织党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举控告等。

案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理。

第一至第六纪检监察室：履行依纪依法监督和执纪审查，依法调查处置的职责。

案件审理室（申诉复查室）：负责审理违反党纪和职务违法职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见，承办申请复审以及其他需要由县纪委县监委办理的申诉、复核案件等。

纪检监察干部监督室：负责监督检查纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。