晋宁区纪委监委现内设办公室（研究室、法规室）、组织部、宣传部、党风政风监督室、信访室（检举举报平台中心）、案件监督管理室、案件审查室（申诉复查室）、第一纪检监察室、第二纪检监察室、第三纪检监察室、第四纪检监察室、第五纪检监察室、纪检监察干部监督室13个内设机构。

此外，设有昆明市晋宁区巡察信息服务中心直属单位。

办公室（研究室、法规室）。负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委区监委有关文件文稿；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关后勤管理和服务工作；负责机关财务管理、国有资产管理、房管基建和安全保卫工作；负责机关和派驻（出）机构涉案款物保管；负责机关、巡察机构相关干部职工医疗和卫生防疫工作等。负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及重大课题调查研究。负责提出全区纪检监察工作制度建设规划和建议；起草、修改全区纪检监察相关工作制度；参与起草制定全区相关规范性文件；负责纪检监察法规制度的咨询答复、解释指导、立规后评估、备案审查、清理、编纂；负责法律顾问相关工作等。

组织部。根据干部管理权限，负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责区纪委区监委机关各部门、巡察机构、派驻（出）机构干部人事工作；会同有关方面，负责区纪委区监委派驻（出）机构、巡察机构、乡镇（街道）纪检监察机构、区管企业、区属学校纪检监察机构领导班子成员的提名、考察、任免等干部人事工作；组织和指导纪检监察系统干部教育培训工作；协调办理区管干部任职前回复区委组织部意见工作。

宣传部。负责组织协调全区全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作；负责网络舆情处置等工作。

党风政风监督室。负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作，推动管党治党政治责任落实；综合协调区纪委区监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理工作；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出工作建议；组织开展党风政风监督专项检查活动；指导纪检监察系统的党风政风监督工作等。

信访室（检举举报平台中心）。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；归口受理对区委管理的党的组织和党员干部违反党纪、职务违法和职务犯罪行为等的信访举报，统一接收区纪委区监委派驻（出）机构和各乡镇（街道）纪检监察机构报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报按照干部管理权限分别移交案件监督管理室、派驻（出）机构、乡镇（街道）纪检监察机关；受理党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来电和电话网络举报事项等。

案件监督管理。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察工作机构和审计机关、行政执法机关、司法机关等单位移交的相关问题线索，处理信访室移交的信访举报，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交纪检监察室；统一受理全区各级纪检监察机关线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查工作中与有关部门的联系协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况；配合市纪委市监委加强对反腐败追逃追赃和防逃工作，督促我区有关单位做好相关工作等。

案件审理室（申诉复查室）。负责审理区纪委区监委及其派驻（出）机构直接审查调查和乡镇（街道）党组织、纪检监察机构报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对区纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由区纪委区监委办理的申诉、复核案件等。

第一至第五纪检监察室。主要履行依纪依法监督、执纪审查、调查处置的职责。监督检查联系单位领导班子及区管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况;监督检查联系单位党委(党组)落实管党治党主体责任的情况，指导、检查、督促纪委监委(派驻、派出机构)；落实纪检、监察责任，实施问责;综合分析研判问题线索，按程序提出处置意见;综合、协调、指导联系单位及其系统的纪检监察工作。承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议；向监察对象所在单位提出监察建议；可以办理下一级监察机构管辖范围内的监察事项。

纪检监察干部监督室。负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对区纪委区监委机关各部门、巡察机构和派驻（出）机构纪检监察干部,乡镇（街道）纪检监察机构领导班子成员，区管企业、区属学校纪检监察机构主要负责人涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。